Pilates, az általa csak Contrology-nak nevezett, módszerét fiatal korától több mint 60 éven át finomította. Hitte, hogy a rossz egészség gyökerei: a rossz testtartás, a nem megfelelő légzés és a modern élet velejárói (stressz, rohanás, irodai munka, számítógép használat….).
Pilates módszerénél a legfőbb különbség, más edzésformákkal szemben, az erőközpontban rejlik, ahonnan a mozgások indulnak. A gyakorlatok végzése közben törekszünk a gerinc természetes „S” görbületének megtartására, melyhez elengedhetetlen a mély, gerincet megtámasztó, stabilizáló izmok („központ”) megerősítése. Az erőközpont helyes használata megtanít a medence és más izületek stabilizációján keresztül a helyes testtartásra, később a tudatos, izolált izommozgásra, mely egyben a testtudatot is fejleszti. A módszer az erőközpont (mély izmok) megerősítése után belülről kifelé erősíti az izomzatot.
A mozdulatsorok rendszeres és pontos végrehajtása segíti helyreállítani az izomegyensúlyt, javítja a testtartást, a koordinációs és egyensúly-készséget, az erőnlétet és a hajlékonyságot. Emellett növeli a tüdő kapacitását és javítja a belső szervek működését. Módszerével Pilatesnek olyannyira sikerült magát kigyógyítania gyermekkori betegségeiből, hogy később anatómia könyvek modelljeként is szerepelt.